私も同一症状でしたが、FlashPlayer11を再インストールしたところ、元に戻りました。
Windows7 HOMEpremium + Google Chromeです。
電子国土ポータルのプラグインはオフです。

私も詳しくはないのですが・・・。
まず、こういう質問の場合はOSの種類（Windows7とか）とブラウザ（ネット閲覧ソフト）の種類（インターネットエクスプローラーなど）とバージョンを書いて頂いた方が応えやすいです。

さて、地図やグラフが表示されないについては
1)JAVAが有効になっていない。
2)国土地理院のプラグインがじゃましている。
が怪しいような気がします。
ブラウザの「アドオンの管理」などの項目で両者を確認下さい。
JAVAを最新に更新してみるものいいでしょう。
国土地理院のプラグインが有効になっている場合は「無効」にしてみて下さい。