GPSログは拡張子「gpx」で、文字コード「utf8」で記録されたテキストファイルです。
文字コード、拡張子に関係なく開くエディタソフト（たとえばTeraPadなど）を使うと、GPSログの中身を見ることができます。

GPSログは、位置情報、標高情報、日時情報、その他情報で1ポイントのセットになっています。
着目ポイントは時刻です。GPSデータはグリニッジ時刻で記録されているので、日本で記録した場合9時間マイナスした時刻で記録されています。2014年1月1日8時59分59秒なら、2013/12/31-23:59:59という感じです。
記録開始と終了を示す写真を撮っておき、その時刻を元に、GPSデータの記録から前後を削除してます。

GPSデータの記録開始・終了を気にしなくても済むので、現地に到着したらまずはGPSを起動しておく。下山して車に戻ったら、まずは靴を脱いで服を着替えてくつろいでからGPSを停められます。場合によっては、都合のよい時刻からログを開始したり終了したりもできます。

注意点は、文字コード「utf8」で保存しておかないと、ヤマレコでは拡張子がGPXのままでもGPSデータとして認識してくれません。その場合に備えて、「GPSデータでない」ボタンが用意されていたりしますけど。

カシミールのほうが使い易ければこのログは見なかったことにしてください。

フリーソフトの(カシミール)を使ってログの編集をする事が出来ます。
カシミールを起動し、ログを読み込みます。
上段のGPSデータ編集をクリック、トラックをWクリック、ログをWクリック、
トラックデータ編集画面が出ます。選択範囲をクリックして望みの場所を削除する事が出来ます。

カシミール解説本の購入もオススメです。