こんにちは。にゃんごと申します。
私はiPhoneやiPad、Field AccessHDも使ってないので、詳しい事はお答えできませんが、もしヒントになれば。

まずご質問の意図は「Field AccessHDで保存したGPSのログ（軌跡）をヤマレコに登録する方法が分からない」でしょうか？
できるだけ具体的に質問されると回答が付くと思いますよ。

ヤマレコにGPSログを登録するには、Field AccessHDからGPXファイルなどにして取り出す必要があります。
そのファイルをヤマレコのルート登録時に「GPSログからの登録」で指定します。

なお、こちらのサイトに保存の仕方と
http://dendrocopos.jp/cgi-bin/rigidboard.cgi?fieldaccess+manual+Tmanual:n12
「保存したGPSログはiTunesのファイル共有で取り出せます」とあるので、取り出せるんだと思います。

またiOSのファイル共有についてはこちらで解決できるかと。
http://support.apple.com/kb/HT4094?viewlocale=ja_JP&locale=ja_JP

ご健闘をお祈りします。