GPSで記録されたログでしょうか？

フリーソフトのカシミールで削除する事が出来ます。
GPSログをカシミールで読み込みます。
上欄にあるGPSデータ編集をクリック、トラックをクリック、
読み込んだGPSログが表示されていますのでログをダブルクリック、
選択範囲をクリック、
グラフに人のマークが両側に表示されています。
人マークを動かして削除したい範囲を選択します。
削除したい範囲が決まったら、
下の青く表示された表(削除する範囲)を右クリック、削除、又は切り取りをして下さい
その後上書き保存をクリックして終了、
切り取りの場合、GPSデータ編集のトラックに貼り付けで、切り離したログを別に分けて表示することが出来ます。

大切なGPSを誤って紛失しないようにヤマレコに一度アップしてからカシミールで編集されることを進めます。
GPSの編集が終わったら、再度ヤマレコにログを書き換えたら良いと思います。

カシミール
http://www.kashmir3d.com/