シャープのSH-13C(DoCoMo) を使用しています。山旅ロガーGOLDと地図ロイドの組み合わせで、リアルタイムに現在地の確認用とGPSロガーのバックアップ用途で使用しています。
使用開始してから2年程度経ちますが緯度と経度に関してはGPS専用機と大差ない精度です。みちびき対応のGPSと比較すると精度は落ちるようですが。
標高に関しては、GPSの特性上誤差が大きいのはしょうが無いかと思います。GPS専用機は気圧計を使用していますので、標高の相対誤差は少なく、滑らかな高度差を記録してくれます。

ルートがぎざぎざになる場合、後日Windowsソフトの「轍」(わだち)などを使用すると滑らかになります。
この場合山旅ロガーの記録間隔は精密の6秒とかにしておくと良いと思います。
スマホのバッテリーが持たないようであれば、途中でバッテリーチャージャーなどをUSB端子に差し込んであげれば継続して記録してくれます。

あと、なるべく精度良くロギングするには、スマートフォンを見通しの良い場所で揺れにくいところに入れておくと良いそうです。私は、ザックのショルダーポケット(胸の所)に入れてます。一度山の中で落としたことがあるので、100円ショップで買った伸びるコイルでザックにくっつけてあります。

スマホのGPSはどうしても専用のものよりしょぼいので携帯の電波も使って補正しています。
それが圏外だったり基地局から遠かったりすると乱れてしまいます。

あとログをとる間隔を設定できると思うので見直してみてはどうでしょうか？間隔を短くすれば滑らかになるはずです。でもその分、電池の消耗も早くなるのでご注意を。

　スマフォのＧＰＳ性能ですが　スマフォが出始めたころのWindowsMobile機の時代からみるとかなり性能はよくなっています。
　割と最近の自分のアンドロイド機２種でみてみましたがやはり機種によって性能は差があるようです。
　性能の差の原因としては　ＧＰＳモジュールの違い。実装都合上でチップアンテナとか採用していると感度が悪くなります。
　またＧＰＳモジュールの一般的な事柄として　他の電子機器と同時にあると電波の影響とかうけるので概して性能は劣化します。
　ログをとるために必要十分かは　実際に自分で使用しての判断が必要かと思います。
　ＧＰＳ専用機でも小型化のあまりチップアンテナ採用のものもあるので　専用機でも感度差はあります。
　いろいろな方のレビューとか参考にされるといいと思います。
　自分がスマフォのＧＰＳ使わない理由は　やはりバッテリ兼用だとスマフォを本来の目的で使用したいときにバッテリへたっていると困るというのが理由のひとつ。
　専用機のほうがいろいろ使いやすいというのも理由のひとつ。
　感度等も理由にはいります。

　ちなみに　自分の日記に最近　所有しているＧＰＳのレビュー書きましたので　よろしければ参考にしてください。

初めまして。
私はiPhone4sを所有しておりますが、位置制度はかなり高く、暫くは予備バッテリーと合わせてDIY.GPSと言うアプリで運用してました。ただし、おっしゃる通り谷などではログは乱れます。この辺りはG社のような専用機がベストですが、私の場合、スマホは位置確認のみの運用で、ログはGPー１０１と言うロガーを使っています。値段も安く、バッテリーの持ちもかなり期待できますよ。ただし、やはり電子機器なんで、ごく稀にログが乱れます。このような時は、付属の地図ソフトで簡単に修正できます。しばらくは、スマホとロガーのセット運用で山に出掛けるつもりです。期待しておられた回答でなければ申し訳ありませんが、参考にしてみて下さい。