答えは簡単です。予備バッテリーである程度容量があるのを使えば問題ありません。
私はiPhone５を使用していますが、下記のバッテリーは価格が安く、４〜５回充電できます。
ibadやカメラも充電できるので便利ですよ。ただ少し重いけど・・・・
3泊４日程度なら問題無くこれで使う事が可能です。3200円Amazon　
山岳ガイドがよく使っていました。

マルチデバイス対応 cheero Power Plus 2 10400mAh (シルバー)　大容量モバイルバッテリー
http://www.amazon.co.jp/gp/product/B00ASSGJ3Q/ref=oh_details_o00_s00_i00?ie=UTF8&psc=1

私は今年に入ってiPhone5Sを購入し、アプリ「やまやまGPS」でGPSで行動記録しながら2回ほど山を歩きました。

iPhoneの残りバッテリー量が、朝の登山開始時に95%くらい、5〜6時間行動して昼食時に40%くらいになります。バッテリーの消費量は、GPSの記録頻度（何m歩いたら記録するか、何分（何秒）おきに記録するか等）によっても異なります。私はすべて初期値の設定のままにしてあります。

記録頻度を小さくすればバッテリー消費量も減ると思いますが、バッテリーが切れるとGPS記録どころか緊急時の連絡さえできなくなりますので、予備バッテリーは必須でしょう。

そこで、私は、「ANKER Astro M2 7800mAh モバイルバッテリー」という予備バッテリーを購入しました。iPhone5Sに3回くらいフル充電できます。もっと大容量のモデルもありますが、私の山行は日帰りか1泊2日程度ですので、7800mAhで十分です。また、このバッテリーにはLEDランプが付いていて、ヘッデンが故障した時の予備懐中電灯になります。

予備バッテリーを購入してから、山行中、電波が届く場所で気軽に家族に連絡を入れたりTwitterに投稿できるようになりました。

iOS7では、「機内モード」にするとGPS機能までOFFになってしまいます。また、「Appのバックグラウンド更新」をOFFにすると、「やまやまGPS」の記録が止まってしまいます。よって、Android端末のように「機内モードをOFFにしてバッテリー消費を節約する」という手段がiPhoneでは使えません。

私が行なっているバッテリー節約術は…
・WifiとBluetoothをOFFにする。
・「モバイルデータ通信」そのものはONだが、「LTE回線を使用」をOFFにする。（山ではLTE回線は届きませんので）
・「モバイルデータ通信」で不要なアプリをすべてOFFにする。
・「通知センター」で不要な通知をすべてOFFにする。
・「インターネット共有」もOFFにする。
・「Appのバックグラウンド更新」で不要なアプリをOFFにする。（「やまやまGPS」はONにしておく）

これらの設定変更によってどのくらい節約できるかわかりませんが、毎回山に入る前に設定変更しています。正直、面倒です。Android端末のように「機内モード」一つでOKだったら楽なのですが。

iPhone5SのGPS精度は、ガーミンを含めた他の機種を使ったことがなく比較できませんが、私が求めていた「ヤマレコに記録をアップするとき、マウスでポチポチと地図上に線を描いていくのは面倒だ。GPSトラック情報を流しこんで楽にしたい。」と「道迷いしたときにおおよその自分の位置がわかると安心だ。」の２つの要件は満たせるので、不満はありません。仮にGPS記録がズレたり飛んだとしても「その程度の精度なのだ」と割り切っています。

iphoneではなくアンドロイドOSのスマホを以前はGPSとして山で使用していました
おっしゃる通り、スマホはバッテリー持ちが良くないですよね
唐沢鉱泉から西尾根経由東西天狗岳、帰路は黒百合平経由で唐沢鉱泉に戻るコースを、夏場に日帰りで歩きましたが、黒百合平の少し先でバッテリーキ切れでログが途切れた経験があります。
その経験から外部バッテリーを購入し携行するようにしています
小型軽量で装備に加えても気にならなくてよいサイズのものも、たくさん市販されていますので探してみてはいかがでしょうか？
1回フル充電出来るタイプから複数回フル充電出来るタイプまで、いろいろあると思います
お値段は1000円以下のものから、4000円程度位だと思います

ちなみに最近は雪山ハイキングや小屋泊（１度だけですが）も始めたので、この外部バッテリーにスマホの純正バッテリーを１つ持参するようにしています（iphoneはバッテリー交換出来ないので参考になりませんね）

それから基本、登山口までのアクセスは車なので、車内でスマホのフル充電するようにしています
意外とアクセス中にバッテリーを消耗しますからね
シガーライターソケットからUSB充電出来るアダプタが1000円ほどで販売されていると思います

iphoneでは出来るかどうかわかりませんが、行動中は「機内モード」という通信を切る設定にしています
もちろんブルートゥースなども無効にしています
これでバッテリーの持ち時間がだいぶ変わると思います

スマホのGPSは谷間や悪天時にはかなり衛星捕捉性能が落ちます
やはり専用のGPS機器には衛星捕捉性能はかないませんので、ガーミンなどのGPS機器を購入するのが間違いないと思います
日本語版ではなく英語版なら20000万円程度（ガーミンのetrex10）で購入出来ますし、カシミール3D（フリーソフト）を使ってマップを切り出してGPSに入れて使えば、コストも本体購入費用以外にはかからないと思います
・・・といいつつ、雪山ハイキングを始めるにあたって、日本語版のetrex30Jと地図ソフトを昨年購入して使うようになったんですけどね

あまり参考になりませんかね

iPhoneのGPS以外の通信機能をオフにしてますでしょうか？
行動時間中のみ電源オン、山と高原地図/iPhone4S&5Sで、拡張バッテリ使わずに2〜3日はもってたような気がしますが。。。
と言いつつも、冬のバッテリ激減が怖くて、ガーミン買ってしまいました。