DOVEさん　こんばんは

たとえば、ハセツネの累積標高差＋−４８５０ｍは、地形図の等高線から読み取った累積標高差とほぼ同じです。
使用されている機器やアプリによって違うのでしょうけれど、ｇｐｘから算出した数値には随分とノイズが含まれていて問題外ですね。
高度計の方はまだデータに近いでしょう。それでも、測定時間が長い場合で、低気圧の接近などで気圧の変動が急激にあった場合には誤差が出やすいと思います。たとえば、フェリーに乗って北海道に行った人が経路途中の高さを測定したら、凸凹が出て、ありえない高さにもなったと聞いています。
２０２０年頃になれば、「みちびき」以外にも準天頂衛星が増えてGPS機器の高度の誤差も少なくなると思いますが、それまでは誤差は多いため、GPSの特に標高数値についてはあまり鵜呑みにしないほうがいいと思います。
位置情報だけgpxの情報を取り入れて（もちろん、飛びぬけた位置になっているデータは削除した上で取り入れて）、標高データだけはSRTM標高を使うというのは、まだましな使い方です。ただ、SRTM標高も９０ｍの格子の点の標高ですので、山の頂上に立ったからと言っても山頂の標高ではなく、ちょっと離れた所の標高を読み取るために、低い標高値が出ます。それは普段ヤマレコを使われていてお気づきのことと思います。その結果として累積標高差の数値も１〜２割ぐらい小さくなる傾向があります（ピークや尾根を歩く場合）。