渡渉で靴中に水が入るのも、手入れの時の丸洗いも革靴には通常の事ですので乾かして通常の日常手入れを入念に実施すれば、問題はありません。
日常の手入れ方法 http://www.yamareco.com/modules/diary/8042-detail-19559

私も総革の登山靴を使用していますが、年に数回は内側も水洗いしています。

その際に気をつける事は、
事前準備：靴ひもは外して洗濯機で洗う
　　　　　インソールは外してシャンプー（中性洗剤でもOK）で手洗い
　　　　　靴底の泥汚れはタワシ＆真鍮ブラシで落とす
　　　　　アッパーはタワシ＆レザークリーナーで良く泡立てて洗う

１．洗剤を良くすすぐ
２．乾燥時に靴の内側に新聞紙などを詰め込んで、型くずれを予防する
　　新聞紙は時々交換する（怠るとカビが！）
３．乾燥は風通しの良い日陰に置く
　　日向に置いたり、乾燥機を使ったりするとひび割れの元に！
４．完全に乾燥する前にオイルを薄く塗る
　　私はラナパーを使っています
　　（塗り始めに指を使うと馴染みが良い様です）
５．一晩経ったら、撥水ジェルを塗り込む
　　私はReviveXのLEATHER GEL WATER REPELLENT & CONDITIONERを使っています
　　（塗り始めに指を使うと馴染みが良い様です）
６．ジェルを塗ったら、ブラシで馴染ませる
７．光沢仕上げの場合は、更にワックスを塗り、ウエスに少量の水を付けて根気よく磨く

また靴ひもは洗濯後、結ぶ部分以外にワックスを塗っておくと、長持ちする様です。