mekkoさん、こんにちは。

アカンダナ駐車場は沢渡とは異なり夜間には入れないため早朝は並んで入ると前の方の質問回答にありました。
　http://www.yamareco.com/modules/plzXoo/index.php?action=detail&qid=2404
満車の心配は無いと思いますが、実際に利用した事はないので確かなことは分かりません。

新穂高Ｐとは無料駐車場のことかと思いますが、有料駐車場もありますし、第２ロープウェイ近くの鍋平高原にある登山者臨時駐車場は満車になることは無いと思います。新穂高のバス停まではかなり下りますが、早朝にアカンダナ駐車場に駐めてバスで移動するよりは早いスタートが出来ると思います。
コースは新穂高から上高地方面なのでしょうか？　そうだとすると回収が遠くなってしまいますね。

一方、もし連休に行かれるのであれば、帰りの渋滞のことも十分勘案したほうが良いと思います。松本ＩＣへ向かう場合、ただでさえメチャ混みなので上高地から平湯方向に行くのは通常時以上に往復が大変だと思います。

他に詳しい方がいるかと思いますが、知っている範囲で書きますと、

駐車料金は1日500円です。
お盆の時期、上高地に行くため、あかんだな駐車場に8時半くらいに着いても駐車可能でした。
バス乗り場からは少し離れた場所でしたが、まだ余裕でした。
平湯バスターミナルまで、徒歩10分？　と書かれた案内板見かけましたが、歩いたことありません。（濃飛バスのホームページには経路が載ってます。）
私は、直通バスが無い時は、無料シャトルバスを利用してます。
シャトルバスの運行時間は濃飛バスに聞いてみた方がいいと思います。

新穂高温泉に下山した時に、平湯までバスで移動しましたが、約30分ほどですので、不便ではないと思います。