kimichinさん、こんにちは。
操作の問題ではなく、システムのエラーのようです。
私も同様の症状が出て5月以前のルート表示が全て消えてしまいましたが(鉛筆マークは残っています)、サポート掲示板によると一部のメンバーの全ルートのデータが壊れてしまったので現在修復中とのことです。但し、修復には最大で1ヶ月くらいかかる可能性があるとか。
詳しくは以下のスレッドのレス番号70番をご覧ください。

http://www.yamareco.com/modules/xsns/?p=topic&tid=984