こんばんは。手前味噌ですがこんなの使ってます。
PETでメガネケース
http://www.yamareco.com/modules/diary/88526-detail-75377
2年ほどザックに放り込んで山行ってますが今のところ潰れたり破損はありません。

何の工夫も無いようですが、付属のプラケースに入れて雨蓋に収納しています。

サングラス付属の巾着袋に入れただけで雨蓋ポケットに入れていたら、案の定折れました(T_T)
巾着袋に入れてからコッフェルに仕舞ったこともありますが、出し入れが面倒でした。
バーナーとか出すから収納上も勿体なかったです。

頭に乗せるのは、乗せていたことを忘れてサングラスを石の上に落してしまいレンズのど真ん中に傷入れてしまった(T_T)

なので、プラケースに入れて雨蓋。

私のサングラスは高級品ではないので、あまり気を使わずに扱っています。
サングラスを買ったときに付属してきた収納袋･･･まぁペラペラのあまり高級とはいえない生地の巾着袋ですが、それに入れてザックの横に吊ってます。
硬質のメガネケースのようなものに入れると壊れにくくて良いと思うのですが、嵩張りますし、老眼鏡も持ち歩いているのでメガネケースばかり増やしたくないし…
ということで、試行錯誤して上記のような方法に落ち着きました。

１　１００円ショップでも売っているストラップを使って胸元でブラブラさせておく。
２　折り畳み式のサングラスを買う。大きめのタマゴぐらいのケース付き。←私はこれ
３　今ＣＭでやっているような折れないサングラスを買う。
４　ザックに外付けポケットを自作して付ける

ぐらいですかね。。