屋久島空港で捨てることも出来たと記憶していますが、側にある観光案内所で引き取ってもらうことも出来るようです。以前行った時に、ガスボンベの販売先を訊ねたら、観光客が置いていったというガスボンベ（250）をもらうことが出来ました。おかげで購入しないですみました。

tmatsukaさん、こんにちわ。
どこに泊まるかに寄りますが、屋久島周辺の宿に泊まると、同様の登山客が置いて帰ってます。
捨ててしまうのも勿体ないし、次の方のお役にたてるなら…と僕も置いて帰りましたよー。

私もジェットボイルを使用しています
北海道の羊蹄山に行くときに、同様に悩みました

私は、カセットコンロ用のガスが使えるソトのバーナーを購入しました
メルヘンとか云うセットもので、アルミ鍋の中に一式納まるタイプです
カセットガスなので、現地の宿の方に差し上げて帰ってきました
カセットガスは安いし入手も簡単なので、重宝しています

ジェットボイルとソト、用途に合わせて使い分けできて便利ですよ