keizi666さんの補足します。
要はアプリしだいです。
Android端末は自由にアプリ開発ができるので、アプリによって良し悪しが出やすいものです。
それに比べてiフォン端末はアップルがアプリ開発にある程度制限をかけるため、質が悪いアプリが少ないです。
本題からズレた話しでゴメンさい。
端末とアプリの相性が出るため、アプリによって誤差がそれぞれ違います。
補正設定の調整すれば問題はないはずです。
使っている端末と使い勝手からアプリを選ぶことをお薦めします。
GPS誤差は天候気圧や端末周辺温度によっても変動するので変わりやすいです。
誤差が許せないと言われるならば、やはりGPSロガー端末ですね。

こんにちは、ジオグラフィカの作者です。ジオグラフィカは標高タイルという標高データを使っているので、位置が正しければ正確な地表の標高を表示出来ます（設定でGPSの標高を使うこともできます）。

Androidスマホは高度のブレが大きいので、GPS高度を使うと誤差が出やすいです。あとはジオイド高補正の有無で35mズレたりします。普通はアプリの設定にジオイド高補正の項目があります。


すみません、補足への返信です(^^;

>要はアプリしだいです。

Androidの場合はアプリ次第の面もありますが、基本的に高度データの精度はスマホ（機種）次第です。
GPS精度が悪い機種では高度がブレます。

『Androidの場合は』と書いたのは、ジオイド高補正というのがあるからです。AndroidのGPSセンサーがアプリに渡す高度はジオイド高という、標高よりズレた数値で、補正値は地域によって違います。その補正値をアプリ内に持ってないと、日本では35mほどズレた標高になります。代表的なアプリはみんな持ってると思いますが。

ジオイド高補正を除けば、アプリはスマホのGPSセンサーから渡される高度を表示しているだけです。基本的には。

ただし、ジオグラフィカは初期設定では標高タイルを使うようになっているため、GPSからの高度データは捨てて標高タイルの高度を使っています。なので、位置が正しければ正確な高度が出ます。


>それに比べてiフォン端末はアップルがアプリ開発にある程度制限をかけるため、質が悪いアプリが少ないです。

iPhoneは気圧計が入っており、それがOSレベルでGPSと統合されているので高度データが正確に取れます。Androidでも気圧計が入っている機種はありますが、OSレベルで統合されていないため、普通は気圧計を高度データには活かせていません。

高度に関してiPhoneが正確なのは、単にiPhoneの性能が良いからです。

>端末とアプリの相性が出るため、アプリによって誤差がそれぞれ違います。

Androidは機種が多すぎるため、開発している側もすべての機種で最高の性能が出るとは保証できません。確かに相性はあるかもしれませんね。

iPhoneは元のGPS精度が良いのでアプリによる良し悪しは、主に使う本人とアプリの相性（使いやすいかどうか）になります。

>GPS誤差は天候気圧や端末周辺温度によっても変動するので変わりやすいです。

GPSは地形の影響は受けますが、天気の影響はほとんど考えなくていいかと思います。理屈では水分が電波を吸収するとかありますが、実用上スマホのGPSが悪天候時に精度を落とすと感じたことはありません。

>誤差が許せないと言われるならば、やはりGPSロガー端末ですね。

今時のスマホ（特にiPhoneやXPERIAなど）はGPS精度が高いので、堅牢性以外でGPS専用機を選ぶ理由は無いかなというのが個人的な意見です。

以上、どうぞよろしくお願いいたします。

今年の初めにGPSアプリの位置誤差の比較をしたことがありました。3種類は質問と同じアプリです。
私は高度の誤差はあまり気にしたことは無く表示の高度は参考にしてました。
比較したことは無いのですが高度の連続データーを見るとバラツキは大きいですね。

なので回答にはなりませんが参考ですがルート（緯度、経度）の誤差と同じとすればアプリの差は出ます。
スマホ側のGPSデーターをアプリ側で使用するのですがGPSデーターの評価を行い信頼のおけるデーターを使うのが「山旅ロガー」「ジオグラフィカ」　受け取ったデーターをそのまま使うのが「ヤマレコMAP」となっています。
私のスマホではデーターを選んで使ったアプリのほうがルートの表示が安定してます。（位置バラツキが少ない）
高度も関係してるかもしれません。

注意：アプリメーカーの資料及び質問で知ったことですので聞き間違いがあるかもしれません。