皆様、ご回答をありがとうございます。
富士山に限らず山小屋が営利目的であることは分かっているつもりでしたので、その辺りの交渉に関しては書きませんでしたが、私も無償で避難させてもらおうとは当然考えておらず、いくらか払ってでも避難させてもらいたかったのですが、営業時間外の様な言い方をされ、そんな交渉さえもさせてもらえなかったのが現実です。
確かに、何方かが言われてる通り、どんな状況でも自分で対処出来なければ山登りをする資格などないのかもしれませんが、誰でも最初は初心者ですし、ましてや観光地化された富士山には山登りの経験が無い人も登る様な山ですので、余計に危険な天候の時は山小屋の人達が教えてあげて助けてあげるのが人道的だと思っただけの事です。
私もほとんど山登りの経験の無い兄を連れていたので、尚更、悪天候での移動を避けたかったのです。

ここ数年はご無沙汰ですが、以前は毎年のように富士山に登っていました。
ただ、基本的に日帰りか徹夜登山ばかりでしたので、山小屋は宿泊では利用したことがありませんが。

基本的に、登山者として山を楽しむのであれば、緊急時も含めて自己完結能力を保持しておくべきで、それは富士山でも例外ではないと思います。
私は、富士山では、急な荒天で身動きすると危険を感じるようなときは、仮眠覆い（いわゆるポンチョですが、一般品よりも厚手で一回り大きい）を被って体が濡れるのを防ぎつつ、大きめの石の陰などに身を潜めて、なるべく身体が山肌から突出しないようにして、悪天候をやり過ごしていました。

山小屋といっても、場所や経営者が違えば運営ポリシーも違うので、「山小屋とは」などというあるべき論を言っても仕方ないと思います。

とにかく、公設の無人避難小屋などを除いては、山小屋とはいえ基本的に営利業者なわけですから、仮に緊急退避などを快く受け入れてくれる山小屋（富士山以外では多数ありますし、富士山でも皆無ではありません）であっても、
経営や財務と言った面で見れば、平地の観光地にある観光旅館と何ら変わりがないわけで、営業客以外への対応はそのままコストとなります。

要は、困っている登山者に親切にしてくれる山小屋も、それは営業的配慮や法的義務によるものではなく、山で仕事（商売）をしているからという、純真な男気というか使命感に支えられての尊い篤志であると理解すべきで、それをアテにして良いものではないでしょう。

特に富士山のように、もはや山岳というよりも、登山体験付き観光スポットと化している場所では、山のヤの字も知らない人（要するに山の慣習的なマナー等をご存じない方）でも来日外国人観光客でも、それこそ猫も杓子も気軽にやってくるわけで、山小屋も平地の観光旅館と同様の運営形態をとらないとやっていけないという現実もあろうかと思います。

私は、どこの山でも、何かしらの事情で山小屋への緊急退避を受け入れてもらった場合、請求されなくても１〜３枚の千円札を小屋番さんに渡して帰るようにしています。
（ちなみにそのお金を受け取って頂けない小屋もかなり多かったです）

富士山については、数年前の話で恐縮ですが、一部の山小屋はやはりご質問のような傾向はありました。
当時私は、体調不良者の救護等でどうしても山小屋に一時退避したいときは、小屋の人にその旨をお願いしつつ、最初から料金の支払いを申し出たり、あるいは江戸時代的な交渉術（お察しください）により協力してもらっていました。
また、屋内はともかく軒先での休憩ぐらいであれば、一声かければ（当時は）断られたことはありません。荒天のときは小屋の建物の陰に身を隠せるだけでも大助かりですから。

要は、先方も商売なわけですから、富士山に限らず、緊急避難だから山小屋たるものタダで助けてくれて当然、と思わずに（思っていなくても、小屋の人からそう思っていると思われないようにして）、対価の支払いを申し出つつ協力を要請する姿勢が必要なのではないかと思っています。
その意味では、他の回答者の方が書かれているように、飲食や買物の利用をするというのも、現実を踏まえた上で「うまくやる」手と言えるでしょうね。

hideootoさんが想像されている通り、富士山でエスケープルートなどとのたまう御仁は富士山には登った事は無いのでしょうね。
それはともかく、今現在の山小屋の情況では、温かい珈琲でも注文してゆっくり雷雨をやり過ごすというのが得策のような気がします。現にかの有名な唐松岳の山小屋（何処とは言いませんが・・・あっ言ってるか）は玄関の中の三和土で休む事はお断りとの張り紙がしてありましたね。
若い頃はお金がないので、下界の何倍もする値段の飲み物などとても手が出ず、トイレ棟に駆け込むという手段で何度か事無きを得ました。雨に濡れた寒さと雷の恐ろしさで、匂いはあまり気にならなかったような気がします（すみません、少し下の方の話になりました）。
いずれにしましても、小屋で営業活動に何らかのお手伝いをするというのが、昨今では一番無難な手ではないかと思います。
因に私もno more富士山派です。冬はともかく、シーズン中の富士山は未舗装の巨大な坂道ですな。

はじめまして。以前に８月に宝永火口まで行った帰りに雹まじりの激しい雷雨になり、新６合目の小屋で休ませて頂きました。何か食べ物は注文したと思います。ただ、１０人以上のツアーの団体もおられ、食堂は一杯になっていました。この方々は、天候待ちだけのようでしたが特に問題無く、やがて小降りになりレインスーツやカッパなど着て登って行かれました。下と上で小屋の対応が違うのかもしれませんが、少なくとも新６合目では特に問題は有りませんでしたので、お知らせしておきます。尚、富士山には３回登頂しましたが、北アルプスなどと比べ、ただひたすら登る山であり、今後、登りたいとは思いませんし、このようなお話を聞き、ますますそう思いました。

はじめまして、echoheartsさんに反省を促している書き込みもありますが、実際に富士山に行ったことがあるんですかね？
周到な登山計画をしていても、ほんの数分で悪天候になるなんてことは高山では良くあることです。北アルプス等の山小屋では気持ちよく休ませてくれますが
富士山の山小屋は、北アルプスなどの山小屋とは考え方が違うみたいです。
はっきり言って山小屋というよりは旅館です。
私も富士山は２度程登りましたが、実際に宿泊して北アルプスあたりの山小屋と比べていい気持がしませんでした。はっきり言って金取主義。休憩するなら金払え見たいなことを書いてある小屋も見たことがあります。
小屋のホームページにも、キャンセル料（ほとんど旅館と同じ考え）や超過時間についての追加料金など宿泊規定のような物が書いてあります。普通の山小屋ではありえないことです。
このような考えの小屋なので、身の安全を計るなら宿泊料金を払って休ませてもらうしかないのかもしれません。

こんにちわ。まったくもって酷い話ですね。怒りを覚えます。
ちなみにどちらの山小屋でしょうか。
そもそも山小屋というのは、緊急時は避難場所になるべきものです。
各地のアルプスの山小屋では、小屋従業員自ら近隣で遭難が起きた時は救助に出向き、雷雨時は当然ながら予約がなくても寝床がなくても、登山者を受け入れます。
逆に予約をしていても雷雨で行けない時は、無理に来るなとさえ言ってくれます。
それが、山小屋のあるべき姿です。

森林限界を超え遮るものがない富士山で、雷雨時に行動する意味とは考えただけで恐ろしいです。人間が避雷針となる最も危険な状態であり、一歩でも外に出るべきではないのです。
以前から感じでいましたが、富士山の山小屋は緊急時に助けになる場所ではなく、経営している人間は、山を知らない下界の観光旅館の従業員と変わりません。
以前、遭難救助を求めたことがありましたが、その時も門前払いを食らいました。

そのため商売にならないと受け入れないんですよね。
しかし、身の危険は自分で守るしかありません。
何とか買い物でもして、居座るか、トイレにでもいるかして、とにかく雷雨がやむまでは外を出歩かない事ですね。

追伸
あまりに怒りを覚えたので、富士山観光協会に山小屋への指導をお願いしました

こんにちわ。雷雨の中を20分ほど下山するのは生きた心地がしませんね。
自分は昨年吉田コースから富士登山をしましたが、山小屋がほとんど数珠繋ぎ状態にあったと思います。｛雷の時は、やはり近くの山小屋に逃げ込むのが最善で、（無料で）避難させてくれても良いかと自分も思いますが、｝何か食べ物か飲み物を買って休む形式をとればよかったかもしれません。

ちなみに、もう40年ほで前のことになりますが、北アの蓮華でとんでもない雷に遭遇し、針ノ木小屋でしばらく待機させていただきましたが何も言われませんでした（何も買いませんでしたが）。

追記；説明が不十分で｛　　　｝を8月22日に追加いたしました。