こんにちは。ご質問の回答ではないことにつき、ご容赦下さい。

＞北アは今年は例年以上に混んでそうで気が引ける
　　９月下旬の混雑度合いについて予想するわけではないのですが、８月上旬の涸沢はガラッガラでしたよ。通常の１０分の１以下だったかもしれません。なので、北アを再検討するのも一案です。
いざ行ってみて混んでいたらごめんなさいm(_ _)m

Barklayさん、こんにちは。
伊吹山であれば今年の1月に実際に夜行バスで行きました。
移動の行程は以下の通りです。
　高速バス：東京駅発名古屋駅行（23：20〜6：18）
　電車：名古屋〜近江長岡（7：03〜8：00）
　バス：近江長岡〜伊吹山登山口（8：07〜8：23）
名古屋までであれば夜行バスも多くあるので、難易度は高くないと思います。

あとは毎日アルペン号を使う手もあるかと思います。
対象の山次第ですが登山口まで直行してくれます。

大した情報ではないですが、参考になれば幸いです。

夜行バスでの遠征を私も計画していたのですが、やはり減便対応で軒並み運休の路線多発ですね…。百名山で考えてたルートですが…

行けるコース
・八甲田山
　弘南バス　パンダ号2便6500円｜上野2030〜0650青森駅　JRバス東北十和田湖行き0745〜0850酸ケ湯温泉
・岩手山
　ドリーム盛岡号　東京駅2330〜0655盛岡
　7:30よりニッポンレンタカー借りて30分　馬返し登山口まで
・西吾妻山
　東京〜0600仙台　0630〜米沢〜0941湯元　高速バス＋山交バス　
・巻機山
　新宿〜0500長岡 上越線〜六日町　南越後観光バス0815〜0850清水
・高妻山
　ウィラー　新宿0040〜0545長野　アルピコ交通0700〜0814戸隠キャンプ場

行けないコース
・磐梯山、安達太良山　ドリーム福島・東京号　東京駅2350〜0440郡山　
　8月中は運行してたのに…　あと　会津バス会津号　復活して…　
・鳥海山 関東バス エクスプレス鳥海

新幹線50％もあるので、うまく使うと深夜バス程度でも行けますね。

追記
新幹線50％　お先にトクだ値スペシャル
https://www.eki-net.com/top/tokudane/kakaku_osakini_sp.html
乗車日予定から3カ月先まで、eチケットは変更可なので。
20日切ると35％とか15％とかになるけど、差額追加で変更にもなるので。
今週末予約してたけど確かに台風影響で変更することになっちゃいました…。

Barklayさんこんにちは。
私が数年前に秋田駒ケ岳に行ったときは盛岡に5時に着く夜行バスがあり、これで始発電車で6時過ぎに田沢湖駅につけたのですが、今は減便の影響か6時以降に着くバスしかないようです。
そこで次善策ですが、当初の計画ではレイク＆ポート号で8時に田沢湖駅について、田沢湖駅前8:15-9:14駒ヶ岳八合目の予定だったかと思います。

夜行バスで盛岡駅に朝着できれば
盛岡駅7:58-8:31田沢湖駅（秋田新幹線）
田沢湖駅前8:45-9:19アルパこまくさ
https://ugokotsu.co.jp/wp-content/uploads/nyuto0601.pdf
アルパこまくさ9:27-9:42駒ヶ岳八合目
https://ugokotsu.co.jp/wp-content/jikoku/latest/komagatake2020.pdf
と30分遅れでアクセスできますが、いかがでしょうか？

秋田駒ケ岳以外では、盛岡駅から八幡平へのバス、盛岡駅から滝沢駅に進みタクシーで岩手山。
青森まで行ってしまって弘前駅から岩木山、青森駅から八甲田山も日帰りできるかと思います。