これも推測ですが、ヤマレコは、登録されている「山の地名」ポイントを出発・経由する時に、登録されている緯度経度から一定以上離れた場合に「登山を開始した」とか「休憩を終了した」と判断しているのだと思います。ヤマレコに登録された「山の地名」が1つもないマニアックなルートの場合は、途中で立ち止まっていても「休憩 0分」になります。
定番の休憩ポイントや山頂でしか休まない人は山行時間・休憩時間が比較的正確に計算されそうですが、登山道の途中での小休止が多いような人は実際よりも休憩時間が少なめに計算されることになりそうですね。

私もここ1年ほどは、ヤマレコアプリで記録したGPXファイルをYAMAPにインポートしています（それ以前はジオグラフィカとかGARMIN fēnix 3などで記録してました）。確かにヤマレコとYAMAPでは合計距離や累積標高の数値に違いが出てきますね。

興味深い話なので、私の最近の記録数回分を「GPXデータの累積（ヤマレコからダウンロードしたGPXファイルをGPX BinderというMac用アプリで開きトラック全てを選択）」「ヤマレコ（「グラフを拡大」をクリックして表示される標高グラフページの数値）」「YAMAP（Webページに表示される活動データ）」の3つで比較してみました。

私の場合「合計時間」はGPXデータの累積・ヤマレコ・YAMAP間に差異なし。「合計距離」はGPXデータの累積・ヤマレコは一致、YAMAPは1割ほど短めに表示。「累積標高」はGPXデータの累積＞YAMAP＞ヤマレコの順でかなり大きな隔たりが出てます。

YAMAPの距離が短めに表示されるのは、おそらく「トラック間引き」処理をした後に距離を算出しているからだと思います。1秒毎に記録されたデータなどポイント数が非常に多いGPXファイルからそのまま地図表示したり距離を算出したりすると処理が重くなってしまうので（実際ヤマレコでそういうGPXファイルをアップロードした山行記録ではとても地図の描画が遅くなります）、YAMAPでは一律でそのような処理をしているのでしょう。

累積標高は、気圧から標高を計測されたGPXファイルなどでは誤差が大きくなってしまうことが多いので、地図の標高データを使い緯度経度から標高の再計算→トラック間引き（細かい標高アップダウンが発生してしまい累積標高差が大きくなってしまうので）→累積標高の算出、という処理をヤマレコ・YAMAPともに行っているものと推測されます。GPX Binderは複雑な処理をしないで、単純に全ポイントの標高差を足し算しているようです。ヤマレコ・YAMAPで数値に大きく差が出るのはトラック間引きのポイント数が違うのが原因だと推測しています。
累積標高の数値は、ヤマレコ・YAMAPのみならず、Strava・Gamin Connect・TrailNote（Mac用の別のアプリ）など、アプリやサービス毎にかなり数値がバラバラでして、どれが一番正確なのかは判断が難しいところですが、ヤマレコとYAMAPの中間あたりが色々なサービスの平均値になってる気がします。

Ippusenkinさんは時間も違っていたと書かれてますが、もしかしたらヤマレコの「コースタイム」合計とYAMAPのタイムを比較されてませんか？ヤマレコの「コースタイム」は「[注]」をクリックすると「合計時間などは計算上の誤差が含まれております。」と表示されるように、「グラフを拡大」をクリックして表示される合計時間とは若干違う数値が表示されるようです。休憩時間を独自アルゴリズムで算出した後の数値なので、誤差が発生してしまうのでしょう。

衛星から受信すると受信機の性能で補足内容が違っています。
従いまして受信データが軌跡がより正確になるかは受信機の性能です。
次に受信した内容をハンディGPS、スマホのアプリで軌跡を保存するのがそれぞれ違っています。
例えばGPS受信機を固定していても現在地が移動します。その為にそのブレを補正するためにある間隔の平均値を現在地とすると保存した内容が安定したようになります。(一つの例として)
その内容を今度はヤマレコやヤマップに転送するとそこでまた、必要と思われる登りや下りの距離等を計算させるアプリが必要になりそれぞれの考えでプログラムされているようです。
　言われるようにアプリで違ってくるのは当然と思われます。