日本三百名山を選定したのは日本山岳会で、日の出岩でなく、五葉山を選定していますが、標高は日の出岩の1351mを採用しています。
国土地理院が選定した『日本の山岳標高1003山』も、山名は五葉山、地点は1340.4m三角点、標高だけ日の出岩の1351mを採用しています。

これは、国土地理院は、ひとつの山塊の場合、山塊の最高点をその山の標高としていることによるものです。
従って、私は、日の出岩は五葉山の一部であると解釈するのが妥当だと思います。

Wikipediaの『五葉山』も国土地理院に準拠した内容となっています。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E4%BA%94%E8%91%89%E5%B1%B1

日本の山岳標高1003山

ユーザーが自由に編集できるヤマレコの「五葉山」と「日の出岩」の基本情報にも、NYAAさんという方が「（日の出岩は）五葉山最高点であるが、日本（三）百名山はあくまで五葉山である。毎日新聞社編の「日本三百名山」に準拠すべき。」と書かれてます（カッコ内は私が捕捉）が、kesensugo6さんも同様の意見である…ということですね？
https://www.yamareco.com/modules/yamainfo/ptinfo.php?ptid=3933
https://www.yamareco.com/modules/yamainfo/ptinfo.php?ptid=215

これは私の個人的な考えなんですが、ヤマレコの管理者さんは間違い等ではなく、あえて五葉山の「日本三百名山」ポイントを日の出岩にしているような気がします。「一等三角点百名山」「東北百名山 東北百名山（東北百名山地図帳）」「新・岩手の20名山」「日本の山岳標高1003山」「岩手県の山(分県登山ガイド)」「日本の山1000」「みちのく120山」「岩手の山150」は1,340mの五葉山山頂地点に登録しているのに、「日本三百名山」「花の百名山」だけ日の出岩への登録ですからね。これはわざとでしょう。
理由として考えられるのは、公益社団法人日本山岳会のWebサイトにある「日本山岳会編 新版 日本三百名山 登山ガイド(2014) 掲載 山岳リスト」に「五葉山 標高 1,351m」と記載されているからだと思います。「標高1,351m…ということは日の出岩を指している」と判断したのでしょう。
https://jac1.or.jp/wp-content/uploads/2016/10/300meizanlist%E3%80%80.pdf

私は毎日新聞社編の「日本三百名山」を持っていないので、こちらにはどのような記載になっているのか知らないのですが、ヤマレコの管理者さんは日本三百名山を規定した団体の最新資料に合わせて、「日本三百名山」ポイントを日の出岩にしたのではないかと想像するのですが、いかがでしょうか？

こういう「どのピークを○名山の山頂とするか」という問題は、意見が分かれる山がいくつもありますから、本当は「ヤマレコの選定理由」みたいなのを補足で記載してもらえるといいですよね。

ちなみにヤマレコ質問箱はユーザー同士の質問の場なので、修正の希望でしたらここに書いても多分管理者さんの目には入らないかも…。システムの不具合ならばヤマレコサポート掲示板の「不具合報告2」へ書くのが確実ですが、今回のはシステムの不具合という感じでもないので下記の「お問合せフォーム」で連絡するのが一番いいと思います。返事ももらえるみたいですし。
https://www.yamareco.com/guide/contact/