hamaguri24さん、こんばんは。
私もHAYABUSAJETさんの仰る通り、上と合わせておかしくない色を選びます。
黒やグレーはどの色にでも合わせられますね。
ただし、黒は汚れると目立つ（雨天時に歩くと泥跳ねでベージュ色の汚れが付くことが多い）ので、グレーがあればグレー優先してます。

レインウェアの外見で特徴的なのはパンツよりもアウターの方だと考えています。
上と合わせるなら同じ色同士でもいいでしょうし、変えるならそれに合った色（緑色と青色だとなんだかやかましいので緑色とグレーとか）にしてもいいでしょう。

ただ、他のメーカーの製品も冬季用などで買うのであれば、上がどんな色でも無難に決まる黒でいいと思います。
一般的に黒色はスズメバチを刺激する色なので登山では避けられるようですが、雨や雪だと巣にこもっているのでこの制約は当てはまらないと考えています。
私のアウターは自然にない色の方が遭難時に見つかりやすいと店員さんにそそのかされて青色とオレンジ色なので、下はどちらでも合うように黒にしています。

まずはアウターの色に合う色を検索して調べてみるなり、自分の好みで合うと感じた色を決めてみるなりでいいと思います。