お恥ずかしい限りですが、解決しました。
原因は、端末が「省電力モード」になっていたことでした。(いつ設定したか、記憶にないのですが)
普段は使わないのですが、それでもと思ってYMAPを起動してみたところ、「省電力モードになっているので、ログが飛ぶ可能性がある」というポップアップが表示されました。これをoffにしたところ、細かくログが録れるようになりました。皆さん、ご面倒お掛けしました。

奥の手として、ジオグラフィカの「設定→一般→近接センサーで画面を消灯」というものがあります。読んで字の如く、ポケットなどに入れると画面が消灯します。スマホをスリープにしないでポケットに入れれば画面が消えます。

画面は消えてもスマホはスリープにならないので、ログが記録されやすくなります。それでもダメな時はダメですけど。奥の手ということで、どうしてもダメならお試しください。

　上記参考記録を拝見すると、尾根筋でも欠測している事が多いが、4942692で一度logを取り始めれば、その後はちゃんとlogが記録されているので、使われているGPS受信器の性能が低い為の様に思われます。これを確認するには直線区間の経路上で、捕捉衛星数を確認するか、簡単には位置測定に成功しているのかをチェックされては如何でしょう。捕捉衛星数が少なすぎて現在位置が定まらないからその間が直線になっているのなら、ソフト側の設定をいくらいじっても改善しないでしょうから。仮説通りに受信性能の問題だとすると、買換え以外の対策は、携帯を極力むき出しにして電波を受けやすいように持ち運ぶ位しか手の打ちようが無いかと思います。GPS-logger位に小さければ、毛糸の帽子の頭の上にポケットが有って、ここに入れてかぶれば最も受信状況が良いはず、と言うアイデア製品はGPS-DGPS社が出されていましたが、携帯だと頭に乗せるには大きすぎるでしょうし。それにしても昨今のGPS受信モジュールならスペック上は感度に不自由は無いだろうとも思うのですが、個体の不良も有るのかもしれません。

mino0747様。
ジオグラフィカ掲示板
https://geographica.biz/support/wforum.cgi
こちらで該当する項目は確認されましたでしょうか。

ジオグラフィカの導入を検討した時に、「アンドロイド端末は適正な設定をしないとログが綺麗にとれない機種がある」といった内容がありました。
自分はそれを見て、iPhone8の中古を購入しました。

ジオグラフィカは優れていると思いますが（登山地図アプリの第一候補だった）、UIが非常に視認しづらかったので（老眼の為？）、自分はスーパー地形を利用しています。