こんばんは。
GPSログデータをなにで取得していらっしゃるか不明ですが、ヤマレコアプリの場合は、あらかじめ登録されているポイントで停止していた場合のみ休憩時間としてカウントされるようです。
つまり、山頂とか分岐とか地図上に登録された休憩ポイントとか、の決まった所でないと休憩としてはカウントされません。逆に、そのポイントで一瞬脚を止めてカメラで撮影していただけでも1分休憩とカウントされてしまいます。私の山行記録で休憩時間1分のポイントが多数あるのはそんな理由ですけど。

どれくらい動かないと休憩時間にカウントされるか、分かりませんが、泊まりの場合、宿泊地に着くまで一時停止はしません。
日帰りでは、登山口から次の登山口の移動に車等(徒歩以外)を利用する時、その間は一時停止してます。

★休憩で一時停止しない理由は、登山再開のタップを忘れるリスクがあるからです。これ忘れると、そこでログが終わってしまいますから。その、リスクはとりたくないと思います。