運営者に連絡してください。わたしは、とんでもなく違っているウエィトポイントの修正や、追加を依頼して変更追加して頂きました。
運営側が適当でないと判断されたら、依頼は却下されます。
解答と関係ない余談ですけど、余りポイントが多すぎると、地図が見にくくなります。

南魚沼の銭淵公園にて発信。

fiftynineさん、こんにちは。

山行計画のマップに表示される地点は、「 山のデータ > 地名の登録 」 ( https://www.yamareco.com/modules/yamainfo/editpt.php ) で登録されたものかと思います。
(「地名の登録」の所に、「このページから登録した地名は、全ユーザーの山行記録などの地図上・標高グラフ上に表示されます。」とあります。)

一方で、ヤマプラのデータについては、データ提供元が昭文社「山と高原地図」( https://www.yamareco.com/guide/faq/yamapla/ )ですから、
必ずしも分岐点等すべてが「地名の登録」に一致して登録されているわけではないのでしょう。

FAQ：山の地名に登録されていない山があります https://www.yamareco.com/guide/faq/yamainfo_unregist/
に、「ヤマレコの山のデータ（地名Wiki）は、皆様で自由に山のデータを登録できるようになっておりますので、ご自分でデータを登録いただけます。」

とあります通り、山のデータ（地名Wiki）はご自身でも登録が可能です。
もし不足があるようならば登録していただけると、皆がどんどんとハッピーになれます。
一度チャレンジしてみることをお勧めします。

尚、山行計画のマップの「マップ機能」の所に「地名データ登録」というリンクが用意されていて、すぐに登録できるようです。