以前、ヤマレコのサポートに私も問い合わせましたが、「アップロードする時にしか EXIF 情報は消せない」ということで、必要ならばアップロードする時に消してくださいとのことでした。
　写真をだれも 「拍手」をしてなければ、写真ごとを削除して、もう一度アップすることもできますね。(拍手してもらったという情報は、写真を削除し、もう一度アップしても消えてしまうのですが、それが無ければ、一度消しても大丈夫という意味で)

追伸：Mttchi64 さん、写真はなかなか消せないので、ルートを消されたんですね。

もしかして、
★「お困りごと(質問の背景)」：撮影した花の位置がわかってしまうので、こまっている。
★「Mottchi64 さんが試したこと」：なんとかわからないようにする方法がないかと思い、写真自体は削除せず、ルート編集画面で写真とルートとの関係を消そうとしてる。
しかし、それができなかったということでしょうか？

↑が正しいという前提で、下記をかいてますので、関係なければ読み飛ばしてください。

１．Web ブラウザ(chrome, safari, またはPC のブラウザ edge など) で記録作成/編集します。
２．写真登録メニューで、ファイルをアップロードする時に、
☑ 登録時に撮影時の情報(EXIF)を削除する
のようにチェックをいれてアップすれば、EXIF 情報が消えるので、場所との紐づけが無なくなります
３．注：アップロードした後から EXIF 情報を消すことはできません。

スマホアプリで写真をアップするときの EXIF を消すやり方はわかりません。