その通りだと思います。自分のルートのログが、一日分だろうが、二日にわたろうが、二つの山の頂上を通っているならば、ピークをとったと認識します。

シンプルに言えば、ログのデータは、
時刻、緯度、経度　の集まりです（逆にそれでしかない）
その緯度、経度と、頂上の緯度、経度を比較して、
距離が一定以内にあれば、登頂。簡単に言えば、そういう判断をしているだけです。