アプリでとったログを利用した山行記録のことだと思いますが、「山行記録の地図と共に表示される登り・下りの高さ」はGPSが記録したデータを利用して標高差を加算しているのだと思います。
実際の標高差よりも大きく出る理由は、このGPSのデータに誤差(水平、垂直)があるためだと思います。(ログデータを拡大すると想像以上にあっちに行ったりこっちに行ったりしているのがわかります。)

https://imgur.com/OryvrwM
https://imgur.com/uB5I5AL