バス移動しない所の２つのルートの計画を作成して、どちらかのルートをGPXでダウンロードしておき、もう一つの計画を編集モードにして、「ルート編集」のところで「GPSログを登録」。
登録画面にある「ログの上書き」で「登録済みのログに追記」にチェックをいれ、ダウンロードしておいたGPXを登録すれば中抜けのルートになると思います。

もし中抜けしたルートを一つのファイルにしたいのであれば、２つのルートのGPXファイルを結合します。
GPXファイルの結合は、banyoさんが書かれているようにテキストエディタでもできますが、ヤマノートに上げているGPXログエディタを使えば簡単にできます。
https://www.yamareco.com/modules/yamanote/detail.php?nid=3089

計画書をGPX登録で作成した場合はらくルートで編集や追加はできないようです。
そこでGPX登録したルートの軌跡を編集モードで移動させる機能を利用し、
ルート１末端のポイントをルート２の先端まで伸ばして保存することで見た目つながった１つのルートにできました。
https://yamareco.org/modules/diary/upimg/326185/457b898dd588c8da9e15211af66196f7.png
この方法はいかがでしょうか。

ルート編集の詳細はヤマレコ使い方ガイド
FAQ　登録済みのルートを編集したい
https://www.yamareco.com/guide/faq/plan_route_edit/

その他の方法も
・バス利用区間だけの計画書を手動入力で別途作成し、GPXをダウンロード。改めて３つのGPXを登録する。
・２つのGPXファイルをテキストエディタで１つのファイルに統合する。

マサヤンさん、こんにちは。
https://yamareco.info/modules/diary/upimg/326185/ff825338ef23218458c4dfe310d0f9f6.png
途中バスや電車を経由する登山計画は手動入力を併用することで作成できます。
画像は棒ノ嶺を登山した後、飯能駅に戻り天覧山を登る計画です。
さわらびの湯から飯能駅まで、手動入力で飯能駅まで一直線に引くことも、道路や線路沿いに細かく書くこともできます。
所要時間は適当でかまいません。
ただし奥武蔵などの場合はらくルートで繋がっていますので途中、何もない場所に一回ポイントを経由し繋ぐことになります。
お試しください。