私も、地形図にルートを書き込んでいるとき、データ量が多くなればなるほど同様な現象が起きていました。今は、GPSを購入してそのログをアップしていますが、長期山行のときに電池切れを起こした場合など、カシミール3Dで作成しています。このデータ、色々と加工して使えますのでいいですよ。

私も以前、手動プロットしているときに地図が反応しなくなることはありました。（パソコンが反応しないわけではありません。ブラウザ内の地図が動かなくなる症状）
Yahoo地図と地形図を何回か切り替えたら動くようになることもあったし、まず、切り替えたあと、ちょびっと地図を動かしてみて、動かない場合は、何回か
Yahoo地図と地形図を切り替えると動き出したりします。（今でも）