「モヤ」はアイヌ語で、生活圏から見えるもっこりした小高い山をさす言葉で、札幌の藻岩山（モイワ山）と同語源とされる。札幌の藻岩山は現在の藻岩山ではなく、以前は丸山をさしていたという。青森県内にはいくつか「モヤ」がある。このモヤは青森平野から見ると一番目立つモヤ。（出典：山田秀三「東北のアイヌ語地名の研究」）
以下は郷土の伝承。
西暦800年に、ヤマトから来た征伐軍と、この付近（横内）でいくさがあった。この付近を居場所にしていた先住民の戦士の名前トンケをとって、この山はモヤトンケと長く呼ばれたという言い伝えが地元にある。遊撃（ゲリラ）戦に手を焼いたヤマトはねぶた祭りをやって潜んでいた蝦夷（えみし）を誘い出し、撃ったというのがねぶたの事始め伝説。
明治になり地形図への記名で雲谷峠と当て字をつけたと言われる。