一般に、奉書紙、帳面（御朱印帖）、掛軸、おいずるや鉢巻などの巡礼装束等に、寺社の印判を捺し、参拝日や印銘、本尊名などを揮毫したものを指す。

　本来は、主として仏教寺院において、参拝者が納経（写経を納めたり、仏前で読経などをすること）を行い、それに対する領収の証として寺院が発行するものである。

　しかし現在では、納経に代えて、何某かの金銭（場所により異なるが、200円〜500円程度が多い）を寄進することにより御朱印を交付する寺院も多い。
（一方で本来の厳格な発行様式を守り、納経や修行、信仰などを必要条件とする寺院もある。また、御朱印自体を行わない宗派や寺院もある）

　御朱印は、通常は印刷ではなく、求めに応じて、その場で一点づつ手書きで作成される。
　僧侶不在など何らかの事情で、予め作り置き（御朱印の場合は特に書置きという）しておいたものを交付される場合もあるが、その場合でも書置き自体がひとつづつ手作りされることが殆どである。

　印章や揮毫にそれぞれの寺社や僧侶・神職の個性があり、手作業の完全オーダーメイドであることから、同じ寺社の同じ僧侶・神職による御朱印であっても、基本的に全く同じものは二つと存在しない。
　そのため、本来は納経という信仰行為の一環でありながら、御朱印自体が一種の美術品的な価値も有することとなり、巡礼者や信者でなくても御朱印自体に価値を感じて集めることを趣味にしている人達もいる。
　しかしこの場合も、最低限、本尊などへの参拝を行った上で御朱印を求めるのが常識とされる。

　御朱印は本来は寺院のものであるが、現在では多くの神社でも、御神印または御朱印と称して同様のものがある。
　神社の場合は、寺院ほどにも厳格な趣旨や発行要件を謳うところは少ないようであり、事実上の参拝記念品として運用されているが、やはり参拝をした上でという前提があるのは寺院と同様である。

　御朱印と似たものに御陵印がある。
　これは各天皇陵ごとに定められた角印で、当該天皇陵を管轄する宮内庁の管区陵墓管理事務所で保管・運用されている。
　各天皇陵を巡礼し、御朱印帖にこの御陵印を集めている人もいる。
　御陵印の押捺を希望する場合は、直接、管区陵墓管理事務所を訪れ、担当官にその旨を申請（口頭で可）する必要がある。
　訪問者によほど不審な点があれば別だが、通常は申請に対して特段の審査などはなく、即座に許可される。また手数料等はかからない。
　御料印は文字通り「天皇陵の印鑑」であり、事実上の参拝記念印として使われているものの、本来はそのためにある印章ではない。
　また、揮毫などはなされず、押捺も、職員の許可を得て事務所内に保管されている御陵印を自ら押捺するセルフサービス形式のところが殆どである。

　日本の山は、神道仏教を問わず山岳信仰の対象になっていることが多く、山頂や山腹に、その山ゆかりの寺社があることも多い。
　そのような山では、登山者が登山記念を兼ねて御朱印を受けることも多い。

　寺院、神社を問わず、御朱印は宗教行為として発行されるものであり、記念スタンプなどとは根本的に趣旨が異なる。
　発行された御朱印は、単なる「お札」や「お守り」とは違い、その寺社の本尊の分身とされるものであり、受領した以上は終身これを護持し、臨終時は本人とともに納棺される性質のものである。
　従って、御朱印を受領しようとするときは、たとえ略式な方法ではあっても参拝を行うことと、最低限のマナーの遵守が求められる。
　また、受け取った御朱印は漫然と保管するのではなく、神棚やそれに準じる場所において清純に扱うべきである。
　単なる「御朱印コレクター」となり寺社に迷惑や信仰上の不快感を与えることのないよう、趣旨をよく理解し、改まった気持ちで取り扱いたいものである。